Centrum proti terorismu a hybridním hrozbám Ministerstva vnitra vytvořilo Protivlivový manuál pro sektor vysokých škol. Dokument má českým akademikům pomoci bránit se narůstající snaze totalitních států o uplatňování vlivu na akademické instituce v demokratických zemích či pokusům o získání a následné zneužití vědeckého poznání těchto institucí.
Impulsem pro vytvoření českého manuálu byl požadavek rektora Univerzity Karlovy Tomáše Zimy. Dle jeho slov jej k tomu vedla mimo jiné zkušenost s univerzitním Česko-čínským centrem a snaha reagovat na bezpečnostní situaci v akademickém prostředí v zemích západní Evropy, kde se s problémem vlivu cizích států také potýkají. Jednou z prvních zemí řešících tento problém byla Velká Británie, kde z iniciativy britské vlády vznikl obdobný manuál zásad bezpečného výzkumu, jehož obsah se ze značné části shoduje s českou verzí.
Manuál sice vznikl pod záštitou rektorátu Univerzity Karlovy, byl to ale právě rektor Zima, kdo v roce 2016 začal navazovat styky s představiteli Čínské lidové republiky. V červnu 2015 na půdě Univerzity Karlovy přivítal členku politbyra Liou Jen-tung 刘延东 poté, co prostřednictvím Jana Hamáčka předjednával čínské investice do studentské výměny. O rok později pak založil Česko-čínské centrum, které pořádalo konference propagující čínský politický narativ. Činnost centra skončila v roce 2019 po provalení skandálu tajemníka centra Miloše Balabána, který si za konference nechával skrze svou soukromou firmu platit od čínské ambasády. Přestože v čele centra stál po celou dobu jeho fungování sám Tomáš Zima, po odhalení skandálů Miloše Balabána, kterého do funkce tajemníka dosadil, odmítl rektor za tuto aféru převzít osobní odpovědnost. Hlubší kontakt mezi Univerzitou Karlovou a ČLR se v roce 2017 pokusil navázat také rektorův poradce Luděk Podola, když se setkal se zástupcem Oddělení mezinárodních vztahů ÚV KS Číny Kuo Jie-čouem 郭业洲, aby s ním projednal možnou spolupráci mezi univerzitou a Sdružením think tanků Pásu a stezky.
Kromě problematických kontaktů s Čínskou lidovou republikou se rektor Zima pokusil navázat spolupráci také se společností Home Credit, která v ČLR měla ekonomické zájmy a snažila se je realizovat i za pomoci lobbování v českých politických kruzích a ovlivňování české zahraniční politiky vůči ČLR. Na tuto skutečnost systematicky upozorňoval projekt Sinopsis. Společnost pak v roce 2019 uzavřela s univerzitou partnerskou smlouvu, v níž se obě strany zavázaly, že si nebudou navzájem poškozovat dobré jméno. Smlouva se stala terčem kritiky akademické veřejnosti jako pokus ovlivňovat akademické svobody. Výměnou za nevelký příspěvek půl milionu korun pro univerzitu smlouva předpokládala ukončení kritiky Home Creditu ze strany akademických pracovníků UK, mezi něž patří i spolupracovníci projektu Sinopsis. Po vlně protestů nakonec Home Credit sám od smlouvy odstoupil.
Kromě Univerzity Karlovy mají čilé kontakty s ČLR i další české univerzity, pro které je manuál také určen. Při navazování spolupráce s univerzitami v ČLR si čeští akademici musí uvědomovat především odlišnost čínského akademického prostředí, které je ve značné míře propojené se státem, stranou, ale také s armádou, přičemž ne vždy tyto konexe čínské univerzity svým západním partnerům přiznávají. Problematiku spolupráce českých univerzit s čínskými školami napojenými na obranný sektor zmapoval ve svém loňském výzkumu analytik Sinopsis Filip Jirouš.